09.07.1992 tarih ve 3837 sayılı kanunla Harran Üniversitesi ile Mühendislik Fakültesi kurulmuştur. 1984 yılından beri Dicle Üniversitesine bağlı olan İnşaat Mühendisliği Bölümü 1992 yılında Harran Üniversitesi Mühendislik Fakültesi bünyesine alınmıştır. Harran Üniversitesi Mühendislik Fakültesi olarak Makine, İnşaat ve Çevre Mühendisliği bölümleri ilk öğrencilerini 1993 yılında almışlardır. Daha sonra sırasıyla Bilgisayar Mühendisliği Bölümü (2005), Elektrik-Elektronik Mühendisliği(2012), Harita (2017) ve Endüstri (2018) mühendislikleri açılmış ve öğrenci almışlardır. Gıda Mühendisliği Bölümü, 2016 yılında Ziraat Fakültesinden Mühendislik Fakültesine bağlanmıştır. 2020 yılında ise Yazılım Mühendisliği kurularak bölüm sayısı 9 olmuştur.